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苹果根朽病。主要危害根颈和主根。3-11月发病，6-9月为发病盛期，7-11月病部长出子实体。病菌的病索从根系或根颈部的伤口侵入，向根颈蔓延，发展很快，并沿主干和主根上下扩展，至环剥一圈切断全部输导组织后，病株彻底死亡。病部皮层内、皮层与木质部之间充满白色至淡黄色的伞状菌丝层。高温多雨季节，根颈病部常丛生蜜黄色蘑菇状的子实体。病菌以菌丝及菌索在土中的病残组织上腐生，以菌索蔓延侵染。侵入根部和菌索，穿透皮层组织，使皮层大块大块地死亡剥离。
苹果白绢病。主要发生在根颈部，故又称基腐病。4-10月发病，7-9月是发病高峰期。初期，表面形成白色菌丝，表皮呈水渍状褐色病斑。盛期如丝绢状的白色菌丝层全部覆盖根颈，因而得名白绢病。根部皮层腐烂后，有酒糟味，并溢出褐色汁液。在潮湿条件下，菌丝层能蔓延至病部周围的地面，并在病部或附近的地表缝中生出许多棕褐色或茶褐色油籽粒状的菌核。这时，植株地上部已逐渐枯萎死亡。
苹果白纹羽病。3-10月发病，6-8月为发病盛期。初期，细根霉烂，随之扩展到侧根和主根。病根表面缠绕有白色或灰白色的丝网状物，后期霉烂组织全部消失，外部的栓皮层呈鞘状套于木质部下面，有时在病部木质部结生黑色圆形菌核。地上部近土面根际出现灰白色或灰褐色的薄绒布状物，有时还形成小黑点，即病菌的子囊壳。
苹果紫纹羽病。整个生长季节都能发病，但以7-8月发病最盛。发病时，先是须根细根感病，渐次扩展到侧根和主根。病部表面缠绕许多疏松紫色的丝绒状物，即菌丝与菌索，形如羽毛，因此得名，并能延伸至根外的土壤上。后期病根上产生紫红色半球形颗粒状物的菌核。病树地上部生长衰弱，叶片变小，叶色变淡，最后整株枯萎死亡。刺槐是本病的寄主。
水涝烂根。是低洼果园积水后，根际层缺氧导致根系窒息死亡，而引起的烂根。初期枝条基部叶片变黄脱落，并逐渐向上发展，不脱落的叶片变黄且叶缘枯焦，果实脱落或停长，根颈部皮孔膨大呈窒息状。水涝时间长或树势衰弱、结果过多的树、抗涝力最弱，最易发生烂根和发生最重；烂根后最易出现各种缺素症。